Пару заметок по поводу апгрейда nagios в пределах ветки. Мануал здесь:
http://nagios.sourceforge.net/docs/3_0/upgrading.html#nagios3x
По порядку:

Меняем юзера, при этом не забываем что если мы уже скачали дистрибутив куда-то под рутом – то прав у нас на работу в директории может не быть. так что качаем тарболл под пользователем nagios:

#su -l nagios

Если у нас довольно свежая версия – то этих файлов может не быть – все уже с расширением .php:

$ rm /usr/local/nagios/share/{main,side,index}.html

Качаем тарболл, распаковываем, заходим в папку делаем:

./configure --with-command-group=nagcmd

Все должно пройти нормально, покажет пути и все такое…

Собираем.

make all

Собирается нормально а вот при установке:

make install

Может ругаться:

/usr/bin/install: omitting directory `includes/rss/extlib'
/usr/bin/install: omitting directory `includes/rss/htdocs'
/usr/bin/install: omitting directory `includes/rss/scripts'
make[1]: *** [install] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/nagios/nagios-3.3.1/html'
make: *** [install] Error 2

Помогают две команды:

sed -i 's:for file in includes/rss/\*;:for file in includes/rss/\*.\*;:g' ./html/Makefile
sed -i 's:for file in includes/rss/extlib/\*;:for file in includes/rss/extlib/\*.\*;:g' ./html/Makefile

После них ещё раз make install.

Всё должно встать как надо.

Если используем nagiosql могут побиться права на файлы – не будет прав на запуск /usr/local/nagios/bin/nagios для апача, и проверить конфигурационные файлы в админке nagiosql не даст.
Добавляем права на чтение-запись для пользователя под которым у нас работает веб сервак.

Во время проверки ругнется на недостаток прав на запись в spool -/usr/local/nagios/var/spool также добавляем права. Все остальное вроде должно быть ок. Актуально для CentOS.